主要な関数は call_broadpeaks です：

関数に添付されている説明は次のとおりです：

この関数スコアがレベル1の特定のカットオフよりも継続的に高い濃縮領域を見つけて、レベル2のカットオフより上のギャップを使用して最大長lvl2_max_gapでリンクします。

scoring_function_s：関数のシンボルスコアを計算します。 「p」はpscore、「q」はqscore、「f」は倍数変更、「s」は減算です。例：['p'、 'q']

lvl1_cutoff_s：スコアリング関数に対応する高度に濃縮された領域でのカットオフのリスト。

lvl2_cutoff_s：あまり濃縮されていない領域でのカットオフのリスト、スコアリング関数に対応します。

min_length：最小ピーク長、デフォルトは200。

lvl1_max_gap：近くの濃縮ピークをマージするための最大ギャップ、デフォルトは50。

lvl2_max_gap ：リンケージ領域の最大長、デフォルトは400。

BroadPeakIOの高度に濃縮された領域とギャップのある広い領域の両方の一般的なPeakIOオブジェクトを返します。

基本的な説明として、アルゴリズムは（簡単に）次のように見えます。

1. レベル1（より高いpval、つまりより重要）とレベル2（より低いpval）の2つの異なるレベルのピークが呼び出されます。 ）。レベル1は -p によって制御され、レベル2は -broad-cutoff によって制御されます。各ピークセットが呼び出されると、各セットの最大ギャップパラメータによってすぐにリンクされます。

2. 次に、すべてのレベル1のピークがレベル2のピークの内側にあると仮定します（これはMACS2による明示的な仮定）、アルゴリズムはレベル1のピークをレベル2のピーク内にグループ化して、幅広いピークを出力します。

ol>

...

これにはいくつかの意味：

1. ブロードピークコールは、実際にはレベル2のピークのみから発生します（+リンク）。レベル1のピーク呼び出しを使用すると、サブピークを区別できます（ギャップのあるピークを持つことができます）。

2. 同じpvalしきい値で両方を呼び出した場合（たとえば、 -broad-cutoff 0.1 はブロードピークモード、 -p 0.1 はナローピークモード）

ol>