質問:
MACS2のナローピークアルゴリズムとブロードピークアルゴリズムはどのように異なりますか?
Ian Sudbery
2017-05-20 05:21:09 UTC
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ピーク呼び出しツールMACS2は、ナローピークモード(転写因子ChIPseqなどのフォーカスされたシグナルの場合)またはブロードピークモード(特定のヒストン修飾などのより多くのデフューズシグナルの場合)のいずれかでピークを呼び出すことができます。

ナローピークコールのアルゴリズムは、MACSの出版物に詳しく説明されています。しかし、ブロードピークモードでピーク呼び出しがどのように異なるかについてのドキュメントはあまりありません。マニュアルには次のもののみが含まれています。

-broad

このフラグがオンの場合、MACSはBED12(遺伝子モデルのような形式)で広い領域を合成しようとします。 )近くの高度に濃縮された領域を、カットオフが緩い広い領域に配置する。広い領域は、-broad-cutoffによる別のカットオフによって制御されます。広い領域の長さの最大長は、MACSからのdの4倍です

しかし、これは実際にはこれがどのように実行されるかを正確に説明していません。

では、MACSがブロードピークを呼び出すために使用するアルゴリズムは何ですか?

[アルゴリズム](https://github.com/taoliu/MACS/blob/24a1eab9fe7e885c27a37dbac2efb99d6da8dc74/MACS2/IO/BedGraph.pyx#L594)を見つけましたが、正直なところ、629行目でtry / except構文を取得できませんでした。 ..
1 回答:
#1
+10
Daniel Kim
2017-05-21 02:38:55 UTC
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主要な関数は call_broadpeaks です:

関数に添付されている説明は次のとおりです:

この関数スコアがレベル1の特定のカットオフよりも継続的に高い濃縮領域を見つけて、レベル2のカットオフより上のギャップを使用して最大長lvl2_max_gapでリンクします。

scoring_function_s:関数のシンボルスコアを計算します。 「p」はpscore、「q」はqscore、「f」は倍数変更、「s」は減算です。例:['p'、 'q']

lvl1_cutoff_s:スコアリング関数に対応する高度に濃縮された領域でのカットオフのリスト。

lvl2_cutoff_s:あまり濃縮されていない領域でのカットオフのリスト、スコアリング関数に対応します。

min_length:最小ピーク長、デフォルトは200。

lvl1_max_gap:近くの濃縮ピークをマージするための最大ギャップ、デフォルトは50。

lvl2_max_gap :リンケージ領域の最大長、デフォルトは400。

BroadPeakIOの高度に濃縮された領域とギャップのある広い領域の両方の一般的なPeakIOオブジェクトを返します。

基本的な説明として、アルゴリズムは(簡単に)次のように見えます。

  1. レベル1(より高いpval、つまりより重要)とレベル2(より低いpval)の2つの異なるレベルのピークが呼び出されます。 )。レベル1は -p によって制御され、レベル2は -broad-cutoff によって制御されます。各ピークセットが呼び出されると、各セットの最大ギャップパラメータによってすぐにリンクされます。

  2. 次に、すべてのレベル1のピークがレベル2のピークの内側にあると仮定します(これはMACS2による明示的な仮定)、アルゴリズムはレベル1のピークをレベル2のピーク内にグループ化して、幅広いピークを出力します。

  3. ol>

    ...

    これにはいくつかの意味:

    1. ブロードピークコールは、実際にはレベル2のピークのみから発生します(+リンク)。レベル1のピーク呼び出しを使用すると、サブピークを区別できます(ギャップのあるピークを持つことができます)。

    2. 同じpvalしきい値で両方を呼び出した場合(たとえば、 -broad-cutoff 0.1 はブロードピークモード、 -p 0.1 はナローピークモード)

    3. ol>
「より高いpval」は実際には「より低い」または「より重要な」p値であり、「より低いpval」は実際には「より高い」または「より重要でない」p値であることをあなたの答えで明確にできますか?私は誰かが言葉遣いに混乱することを予見します。
説明を追加しました-キャッチしてくれてありがとう!


このQ&Aは英語から自動的に翻訳されました。オリジナルのコンテンツはstackexchangeで入手できます。これは、配布されているcc by-sa 3.0ライセンスに感謝します。
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