質問:
リダイレクト時にsamtoolstview「スナップショット」の幅を制御する
Daniel Standage
2018-12-20 21:25:59 UTC
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samtools tview を使用して手動で調べたい遺伝子座が多数あります。数十の座標を入力したりコピーアンドペーストしたりするのではなく、パイルアップ「画像」(テキストファイル)の生成を自動化したいと思っていました。

今、いくつかの実験を行ったところ、表示オプション -d H または -d T を指定すると、後で検査するために出力をファイルに簡単にリダイレクトできます。しかし、キャプチャしたウィンドウを制御できないようです。ターミナルウィンドウの幅を変更しても、出力は変更されません。また、 -p フラグ(つまり、 -p chr1:501-700 )も調整されません。いずれにせよ、 tview は常にテキストモードまたはHTMLモードで80bpウィンドウを報告します。

これを調整する方法はありますか?

二 答え:
dariober
2018-12-21 14:36:49 UTC
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部分的に恥知らずなプラグ。 ASCIIGenomeがそれを支援できるかどうかを確認してください。

ベッドファイルなどに保存した多数のリージョンを確認するには、それらをバッチで処理するか、BAMとベッドファイルを読み込んでからジャンプします。 next -start コマンドを使用して次のベッド間隔に移動します。

Daniel Standage
2019-04-24 19:53:41 UTC
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この質問を公式のsamtools課題追跡システムにクロスポストし、最終的に回答を得ました。

HTMLビューのコードを見ると、 これこれ。だから多分

COLUMNS = 200 samtools tview -d H -p CHR:X-Y aln.bam ref.fasta



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