コミュニティの中央リポジトリの利点

パッケージの中央リポジトリがあると非常に便利です。いくつかの理由があります：

• 依存関係の解決が非常に簡単になります。すべての依存関係を手動でインストールするのは大変ですが、危険でもあります（ポイント2）。
• パッケージ互換性！依存関係のあるパッケージをインストールする場合は、すべての依存関係の正しいバージョンを確実にインストールしたいと思います。
• 信頼性は、統合された統合テストのおかげです。 Bioconductor は、開発者に優れたテストを作成するように強制しようと懸命に努力しています。また、提出されたパッケージを手動でテストする人もいます。また、メンテナンスされていないパッケージも削除します。 Bioconductor のパッケージは（合理的に）信頼できます。

結局、Rパッケージの開発バージョンをインストールすることは非常に悪い習慣 strongです。 >再現性のある科学のために。開発者がGitHubリポジトリを削除した場合、使用したコミットハッシュではコードを取得するのに十分ではありません。

開発者にとっての中央リポジトリの利点

忘れました開発者がパッケージを Bioconductor に送信する利点について：

1. パッケージがより見やすくなります
2. ユーザーは次のことを保証します。コードは第三者によってチェックされました
3. パッケージはユーザーが簡単にインストールできるようになります
4. パッケージは標準化されたビネット、バージョンタグ、テストを使用するように強制されます->よりアクセスしやすくなりますコミュニティごとにコードを構築する
ol>

CRANに対するBioconductor固有の利点

コミュニティサポートページに大きな利点があります、 Bioconductor によって提供されます。 @Llopisの包括的な詳細。

バイオインフォマティックコミュニティにBioconductorを使用する利点のリストは次のとおりです。

• アウトリーチ：フィールド用のリポジトリ、その言語で。

バイオインフォマティクス（R）に関連する一部のパッケージは、個人リポジトリ、CRAN、github、bitbucket、sourceforgeを通じて配布されますが、あまり使用されておらず、見つけるのが困難です。
そのようなものがあります他の言語での取り組み：Biopython、Bioperl、Biojava、...
CRANでサブジェクトに関連するリポジトリを見つけるのも難しく、BiocViewsがありません。同等のものはオプションであり、通常は入力されていません。方法を探すときに非常に便利です。

• 品質：Bioconductorでは、各パッケージがLinux、Windows、iOSでテストされ、すべてのメジャーで機能することを確認しています。運用システム（すべての依存関係を含む）。

こののようなまれなケースでは、パッケージは特定のプラットフォームでサポートされていませんが、ビルドレポートを確認することで確認できます。 a>。
エクスポートされたすべての要素にビネットと例を提供する必要があります（ビネット、例、テストに合格する必要があります）。手動レビューがあるため、CRANよりも厳しい品質でパッケージをインストールできる必要があります（私の機能の1つでコメントを指摘しています！）。
Dockerも提供します。基本パッケージの画像。 Bioconductorを使用するために最新のRバージョンをインストールする必要はありません！ただし、開発者は（少なくともBioconductorサーバーによってチェックされた場合）パッケージが次のRリリースで機能し続けることを保証するためにそうします。

• 再利用：Bioconductorは、多数のアプリケーションに基本的な要素を提供します。

たとえば、summaryExperimentクラスは、同様のオブジェクトを必要とするすべてのパッケージがそれを使用できるように（すべきである）提供されています。または、GSEABaseは、GSEA濃縮分析を処理するための基本パッケージであり、遺伝子セットおよびコレクションの関数、メソッド、クラスを提供し、誰でも簡単に独自のGSE分析を作成できるようにします。
他の人の作業に基づいて構築する方が簡単です。同じ品質基準に従っていることがわかっている場合。

• サポート：Q&Aをサポートするには、パッケージメンテナーをウェブページに登録する必要があります。

CRANでは通常、サポートは各パッケージによって独自の方法で提供されますが、Bioconductorでは、同じ中央の場所に投稿することで、メンテナとユーザーに直接連絡できます。

CRANを使用するのではなく、バイオコンダクターパッケージを使用する開発者としての利点について：

1. パッケージの品質には階層があり、バイオコンダクターが一番上にあります（CRANと次に「ランダムなgithubリポジトリ」）。多くの優れたCRANパッケージがありますが、平均的な生体伝導体パッケージは、より適切にテストされ、文書化されています。したがって、ユーザーとして使用できる2つの異なるパッケージがあり、一方がバイオコンダクターで、もう一方がCRANである場合、バイオコンダクターパッケージを使用します。
2. 視認性が高くなります。バイオコンダクターパッケージはより高く評価されているため、それらもより目立つようになります。さらに、さまざまな「ビュー」（「選択的スプライシング」や「文字起こし」など）により、関連するパッケージを簡単に見つけることができます。 CRANはいつでも検索できますが、このようなタグ付けを許可すると、発見に役立ちます。
ol>

最も重要な理由は、Bioconductorが共通のデータ構造と基本パッケージのセットを増やしていることです。パッケージXとパッケージYが同じタイプのデータを処理する必要がある場合、コアBioconductorパッケージZに共通のデータ構造があると、私たちの生活がとても楽になります。パッケージXで何かを実行し、結果を取り出して、パッケージYでデータを処理し続けることができます。これは、パッケージZで定義されたデータ構造と互換性のあるバージョンのパッケージXおよびYを使用しているために機能します。Bioconductorチームすべてのパッケージが共通のデータ構造と可能な場合は既存のパッケージを使用するようにします。これにより、すべてが同じページに表示され、人々が何度も車輪の再発明を行わないようになります。

また、 パッケージをBioconductorに受け入れさせるには洗練されたプロセスがあります。これにより、パッケージは他のBioconductorパッケージですでに利用可能なデータ構造と関数を使用し（妥当な場合）、パッケージが適切に記述され、適切なドキュメントがあり、十分にテストされていることが保証されます。