質問:
fgseaとBroadInstitute GSEAは同等ですか？
llrs
2017-05-19 17:32:54 UTC
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いくつかの遺伝子セット濃縮方法が利用可能ですが、最も有名で人気のあるのは BroadInstituteツールです。他の多くのツールが利用可能です（たとえば、82の異なるパッケージをリストした GSEのbiocViewを参照してください）。考慮すべきいくつかのパラメータがあります：

  • 遺伝子の順序付けに使用される統計、
  • 競合または自己完結型の場合、
  • そうである場合監視されているかどうか、
  • 濃縮スコアはどのように計算されますか。

fgsea-Fast Gene Set Enrichment Analysisパッケージを使用して濃縮スコアを計算すると、他のすべてのパラメーターが同等であるにもかかわらず、数値がBroadInstituteのものとは異なると誰かが教えてくれました。

これら2つの方法（fgseaとBroad Institute GSEA）は、エンリッチメントスコア？

両方の論文のアルゴリズムを調べたところ、かなり似ているように見えますが、実際のデータセットで同等かどうかはわかりません。

エンリッチメントスコア法が結果にどのように影響するかをレビューおよび比較する記事はありますか？ sub>

二 答え:
burger
2017-05-21 01:24:45 UTC
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FGSEAプレプリントによると：

デフォルトのパラメータを使用して参照GSEAを実行しました。順列数は1000に設定されました。これは、入力遺伝子セットごとに1000個の独立したサンプルが生成されたことを意味します。実行には100秒かかり、GSEAで調整されたFDRq値が10-2未満の79個の遺伝子セットが得られました。すべての重要な遺伝子セットはポジティブモードでした。まず、同様の名目上のp値の精度を取得するために、1000個の順列でFGSEAアルゴリズムを実行しました。これには2秒かかりましたが、多重検定の修正後、重大なヒットは発生しませんでした（FRD≤1％）。

したがって、FGSEAとGSEAは同一ではありません。

そしてまた結論として：

その結果、遺伝子セットを結果でより正確にランク付けでき、さらに重要なことに、近似法の代わりに標準の多重検定補正法を適用できます。 [GSEA]で。

著者は、FGSEAの方が正確であるため、同等にすることはできないと主張しています。

特に濃縮スコアに関心がある場合は、これは、作成者がプレプリントコメントで対処した：

エンリッチメントスコアと正規化されたエンリッチメントスコアの値は、ブロードバージョンとfgseaの両方で同じです。

その部分は同じように見えます。

はい、プレプリントではp値の計算方法について詳しく説明していますが、エンリッチメントスコアが同じかどうかを尋ねていたので、p値の計算方法が異なることを認識していました。著者自身が答えを見つけました
ごめんなさい。あなたがエンリッチメントスコアについて具体的に質問していることに気づきませんでした。質問を編集して、それをより明確にすることをお勧めします。
llrs
2017-05-21 15:41:34 UTC
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著者は、プレプリントのディスカッションで

濃縮スコアは広大な海と同じ方法で計算されているのだろうか？

エンリッチメントスコアと正規化されたエンリッチメントスコアの値は、ブロードバージョンとfgseaの両方で同じです。



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