FGSEAプレプリントによると：

デフォルトのパラメータを使用して参照GSEAを実行しました。順列数は1000に設定されました。これは、入力遺伝子セットごとに1000個の独立したサンプルが生成されたことを意味します。実行には100秒かかり、GSEAで調整されたFDRq値が10-2未満の79個の遺伝子セットが得られました。すべての重要な遺伝子セットはポジティブモードでした。まず、同様の名目上のp値の精度を取得するために、1000個の順列でFGSEAアルゴリズムを実行しました。これには2秒かかりましたが、多重検定の修正後、重大なヒットは発生しませんでした（FRD≤1％）。

したがって、FGSEAとGSEAは同一ではありません。

そしてまた結論として：

その結果、遺伝子セットを結果でより正確にランク付けでき、さらに重要なことに、近似法の代わりに標準の多重検定補正法を適用できます。 [GSEA]で。

著者は、FGSEAの方が正確であるため、同等にすることはできないと主張しています。

特に濃縮スコアに関心がある場合は、これは、作成者がプレプリントコメントで対処した：

エンリッチメントスコアと正規化されたエンリッチメントスコアの値は、ブロードバージョンとfgseaの両方で同じです。

その部分は同じように見えます。

著者は、プレプリントのディスカッションで

濃縮スコアは広大な海と同じ方法で計算されているのだろうか？

エンリッチメントスコアと正規化されたエンリッチメントスコアの値は、ブロードバージョンとfgseaの両方で同じです。