いくつかの遺伝子セット濃縮方法が利用可能ですが、最も有名で人気のあるのは BroadInstituteツールです。他の多くのツールが利用可能です(たとえば、82の異なるパッケージをリストした GSEのbiocViewを参照してください)。考慮すべきいくつかのパラメータがあります:
- 遺伝子の順序付けに使用される統計、
- 競合または自己完結型の場合、
- そうである場合監視されているかどうか、
- 濃縮スコアはどのように計算されますか。
fgsea-Fast Gene Set Enrichment Analysisパッケージを使用して濃縮スコアを計算すると、他のすべてのパラメーターが同等であるにもかかわらず、数値がBroadInstituteのものとは異なると誰かが教えてくれました。
これら2つの方法(fgseaとBroad Institute GSEA)は、エンリッチメントスコア?
両方の論文のアルゴリズムを調べたところ、かなり似ているように見えますが、実際のデータセットで同等かどうかはわかりません。
エンリッチメントスコア法が結果にどのように影響するかをレビューおよび比較する記事はありますか? sub>