質問:
ペプチドの電荷を計算で計算する
J. Doe
2017-07-04 17:53:14 UTC
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Rまたは別のツールでタンパク質ペプチド(「RKTTLVPNTQTASPR」など)の電荷を計算で計算するにはどうすればよいか疑問に思いました。

すでに検索を行っていますか?何を見つけましたか?
三 答え:
Devon Ryan
2017-07-04 18:05:36 UTC
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グーグルですばやく検索すると protcalcが表示され、ペプチド電荷のpH依存テーブルが表示されます(pH4の3.1からpH10の1.5までの範囲)。それはsourceforgeにあるので、うまくいけば、ソースコード(そしておそらく出版物)はそこのどこかにあります。確かに、これはRではありませんが、それが実際にどれほど必要かは投稿からは明らかではありません。

BTW、一般的に「最良かつ最も正確」は非常に主観的であることがわかります(少なくとも「最良」 「その一部です。

実際、どこかで、電荷を計算する方法は、鎖の残基ではなく、遊離アミノ酸のpkAを考慮に入れていると読みました。だから私は「最高」と書いたのです。 a.aがチェーン上にあるとpkAが変わると思います。多分私はそれについて言及すべきだった。また、R環境が優先されます。
遊離アミノ酸の電荷に基づく計算を使用すると間違った値が得られることに同意しますが、pHがまだ物事に影響を与えなかった場合は驚きます。
pHは標準ですが、pH値は既知であり、見つけることができます。問題は、非フリーa.aのpkAを計算するアルゴリズムがあるかどうかです。
@J.Doeは、このサイトにとって良い質問ではありません。「最高」はほとんどの場合意見の問題であり、分析しているシーケンスの詳細に依存するためです。 https://bioinformatics.stackexchange.com/help/dont-askを参照してください
neilfws
2017-07-19 03:47:06 UTC
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別のクイックGoogle検索で、ペプチドRパッケージが見つかりました。

  library(Peptides)s<- "RKTTLVPNTQTASPR" Charge(s)[1] 2.997683  

Charge()のオプションの引数は、 pH (デフォルト= 7)と pKscale (9つから選択、デフォルト= "Lehninger")。詳細については、?charge を参照してください。

もう1つの(非R)オプションは、 EMBOSSスイートプログラムiepです。 EMBOSSをインストールすることを強くお勧めします。EMBOSSは、Rを含む他のソフトウェアで簡単に読み取って処理できる出力を備えた便利なコマンドラインツールのスイートを提供します。

Joe Healey
2017-07-06 01:28:08 UTC
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私は過去にPropKaを使用して等電点を取得しました。使い方はとても簡単です:

https://github.com/jensengroup/propka-3.1



このQ&Aは英語から自動的に翻訳されました。オリジナルのコンテンツはstackexchangeで入手できます。これは、配布されているcc by-sa 3.0ライセンスに感謝します。
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