KEGGから代謝経路の遺伝子名を抽出するにはどうすればよいですか？

terdon

2017-09-24 17:39:49 UTC

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KEGG APIを使用してこの小さなスクリプトを作成しました：

＃！/ usr / bin / env python3import urllib.requestimport reimport syspathway = 'hsa00010'＃glycolysisurl = "http://rest.kegg.jp/get/" + Pathwaywith urllib.request.urlopen（url）as f：lines = f.read（）。decode（ ' utf-8 '）。splitlines（）want = 0 for line in lines：fields = line.split（）##遺伝子のリストはここから始まりますif fields [0] ==' GENE '：want = 1 ##行GENEは異なりますprint（fields [2] .rstrip（ ';'））##ファイルの次のセクションに到達しましたelif want == 1 and re.match（ '^ \ S'、line）：sys.exit （）; ## want == 1およびlen（fields）>1：print（fields [1] .rstrip（ ';'））

の場合、まだ遺伝子のリストにあります

Pierre

2017-09-24 19:20:25 UTC

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togowsのRESTAPIを使用する：kegg経路に関連付けられた遺伝子のjson構造をフェッチできます。例： http://togows.org/entry/kegg-pathway/hsa00010/genes.json

  [{"3101"： "HK3; hexokinase 3 [ KO：K00844] [EC：2.7.1.1] "、" 3098 "：" HK1;ヘキソキナーゼ1 [KO：K00844] [EC：2.7.1.1] "、" 3099 "：" HK2;ヘキソキナーゼ2 [KO：K00844] [EC：2.7.1.1] "、" 80201 "：" HKDC1; 1を含むヘキソキナーゼドメイン[KO：K00844] [EC：2.7.1.1] "、" 2645 "：" GCK;グルコキナーゼ[KO：K12407] [EC： 2.7.1.2] "、" 2821 "：" GPI;グルコース-6-リン酸イソメラーゼ[KO：K01810] [EC：5.3.1.9] "、" 5213 "：" PFKM;ホスホフルクトキナーゼ、筋肉[KO：K00850] [EC ：2.7.1.11] "、" 5214 "：" PFKP;ホスホフルクトキナーゼ、血小板[KO：K00850] [EC：2.7.1.11] "、" 5121 "：" PFKL;ホスホフルクトキナーゼ、肝臓型[KO：K00850] [EC： 2.7.1.11] "、" 2203 "：" FBP1;フルクトース-ビスホスファターゼ1 [KO：K03841] [EC：3.1.3.11] "、" 8789 "：" FBP2;フルクトース-ビスホスファターゼ2 [KO：K03841] [EC： 3.1.3.11] "、" 230 "：" ALDOC;アルドラーゼ、フルクトース-ビスホスフェートC [KO：K01623] [EC：4.1.2.13] "、" 226 "：" ALDOA;アルドラーゼ、フルクトース-ビスホスフェートA [KO：K01623] ] [EC：4.1.2.13] "、 "229"： "ALDOB;アルドラーゼ、フルクトース二リン酸B [KO：K01623] [EC：4.1.2.13] "、" 7167 "：" TPI1;トリオースリン酸イソメラーゼ1 [KO：K01803] [EC：5.3.1.1] "、" 2597 "：" GAPDH;グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ[KO：K00134] [EC：1.2.1.12] "、" 26330 "：" GAPDHS;グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ、精子形成[KO：K10705] [EC：1.2.1.12] "、" 5232 "：" PGK2;ホスホグリセリン酸キナーゼ2 [KO：K00927] [EC：2.7.2.3] "、" 5230 "：" PGK1;ホスホグリセリン酸キナーゼ1 [KO：K00927] [EC：2.7.2.3] "、" 5223 "：" PGAM1;ホスホグリセリン酸ムターゼ1 [KO：K01834] [EC：5.4.2.11] "、" 5224 "：" PGAM2;ホスホグリセリン酸ムターゼ2 [KO：K01834] [EC：5.4.2.11] "、" 441531 "：" PGAM4;ホスホグリセリン酸ムターゼファミリーメンバー4 [KO：K01834] [EC：5.4.2.11] "、" 2027 "：" ENO3;エノラーゼ3 [KO：K01689] [EC：4.2.1.11] "、" 2026 "：" ENO2;エノラーゼ2 [KO：K01689] [EC：4.2.1.11] "、
"2023"： "ENO1;エノラーゼ1 [KO：K01689] [EC：4.2.1.11]"、 "5315"： "PKM;ピルビン酸キナーゼ、筋肉[KO：K00873] [EC：2.7.1.40]"、 "5313 "：" PKLR;ピルビン酸キナーゼ、肝臓およびRBC [KO：K12406] [EC：2.7.1.40] "、" 5161 "：" PDHA2;ピルビン酸デヒドロゲナーゼアルファ2 [KO：K00161] [EC：1.2.4.1] "、 「5160」：「PDHA1;ピルビン酸デヒドロゲナーゼアルファ1 [KO：K00161] [EC：1.2.4.1]」、「5162」：「PDHB;ピルビン酸デヒドロゲナーゼ（リポアミド）ベータ[KO：K00162] [EC：1.2.4.1] "、" 1737 "：" DLAT;ジヒドロリポアミドS-アセチルトランスフェラーゼ[KO：K00627] [EC：2.3.1.12] "、" 1738 "：" DLD;ジヒドロリポアミドデヒドロゲナーゼ[KO：K00382] [EC：1.8.1.4] "、 "160287"： "LDHAL6A; 6Aのような乳酸デヒドロゲナーゼA [KO：K00016] [EC：1.1.1.27]"、 "92483"： "LDHAL6B; 6Bのような乳酸デヒドロゲナーゼA [KO：K00016] [EC：1.1.1.27] "、" 3939 "：" LDHA;乳酸デヒドロゲナーゼA [KO：K00016] [EC：1.1.1.27] "、" 3945 "：" LDHB;乳酸デヒドロゲナーゼB [KO：K00016] [EC：1.1.1.27] "、 "3948"： "LDHC;乳酸デヒドロゲナーゼC [KO：K00016] [EC：1.1.1.27]"、 "124"： "ADH1A;アルコールデイドロゲナーゼ1A（クラスI）、アルファポリペプチド[KO：K13951] [EC：1.1.1.1] "、" 125 "：" ADH1B;アルコールデヒドロゲナーゼ1B（クラスI）、ベータポリペプチド[KO：K13951] [EC：1.1.1.1] "、" 126 "：" ADH1C;アルコールデヒドロゲナーゼ1C（クラスI）、ガンマポリペプチド[KO：K13951] [EC：1.1.1.1] "、" 131 "：" ADH7;アルコールデヒドロゲナーゼ7（クラスIV）、ミューまたはシグマポリペプチド[KO：K13951] [EC：1.1.1.1] "、" 127 "：" ADH4;アルコールデヒドロゲナーゼ4（クラスII）、piポリペプチド[KO：K13980] [EC：1.1.1.1] "、" 128 "：" ADH5;アルコールデヒドロゲナーゼ5（クラスIII）、chiポリペプチド[KO：K00121] [EC：1.1.1.1 1.1.1.284] "、" 130 "：" ADH6;アルコールデヒドロゲナーゼ6（クラスV）[KO：K13952] [EC：1.1.1.1] "、" 10327 "：" AKR1A1;アルドケトレダクターゼファミリー1メンバーA1 [KO：K00002] [EC：1.1.1.2] "、" 217 "：" ALDH2;アルデヒドデヒドロゲナーゼ2ファミリー（ミトコンドリア）[KO：K00128] [EC：1.2.1.3] "、" 224 "：" ALDH3A2;アルデヒドデヒドロゲナーゼ3ファミリーメンバーA2 [KO：K00128] [EC：1.2.1.3] "、
"219"： "ALDH1B1;アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリーメンバーB1 [KO：K00128] [EC：1.2.1.3]"、 "501"： "ALDH7A1;アルデヒドデヒドロゲナーゼ7ファミリーメンバーA1 [KO：K14085] [EC：1.2。 1.3 1.2.1.8 1.2.1.31] "、" 223 "：" ALDH9A1;アルデヒドデヒドロゲナーゼ9ファミリーメンバーA1 [KO：K00149] [EC：1.2.1.3 1.2.1.47] "、" 221 "：" ALDH3B1;アルデヒドデヒドロゲナーゼ3ファミリーメンバーB1 [KO：K00129] [EC：1.2.1.5] "、" 222 "：" ALDH3B2;アルデヒドデヒドロゲナーゼ3ファミリーメンバーB2 [KO：K00129] [EC：1.2.1.5] "、" 220 "：" ALDH1A3 ;アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリーメンバーA3 [KO：K00129] [EC：1.2.1.5] "、" 218 "：" ALDH3A1;アルデヒドデヒドロゲナーゼ3ファミリーメンバーA1 [KO：K00129] [EC：1.2.1.5] "、" 84532 "：" ACSS1;アシル-CoAシンテターゼ短鎖ファミリーメンバー1 [KO：K01895] [EC：6.2.1.1] "、" 55902 "：" ACSS2;アシル-CoAシンテターゼ短鎖ファミリーメンバー2 [KO：K01895] [ EC：6.2.1.1] "、" 130589 "：" GALM;ガラクトースムタロターゼ[KO：K01785] [EC：5.1.3.3] "、" 5236 "：" PGM1;ホスホグルコムターゼ1 [KO：K01835] [EC：5.4。 2.2] "、" 55276 "：" PGM2; phosphoglucオムターゼ2 [KO：K15779] [EC：5.4.2.7 5.4.2.2] "、" 2538 "：" G6PC;グルコース-6-ホスファターゼ触媒サブユニット[KO：K01084] [EC：3.1.3.9] "、" 57818 "：" G6PC2;グルコース-6-ホスファターゼ触媒サブユニット2 [KO：K01084] [EC：3.1.3.9] "、" 92579 "：" G6PC3;グルコース-6-ホスファターゼ触媒サブユニット3 [KO：K01084] [EC：3.1.3.9] "、" 83440 "：" ADPGK; ADP依存性グルコキナーゼ[KO：K08074] [EC：2.7.1.147] "、" 669 "：" BPGM;ビスホスホグリセリン酸ムターゼ[KO：K01837] [EC：5.4.2.11 5.4.2.4] "、" 9562 "：" MINPP1;複数のイノシトール-ポリリン酸ホスファターゼ1 [KO：K03103] [EC：3.1.3.80 3.1.3.62] "、" 5105 "：" PCK1;ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ1 [KO：K01596] [EC：4.1.1.32] "、" 5106 "：" PCK2;ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ2、ミトコンドリア[KO：K01596] [EC：4.1.1.32] "}]

gringer

2018-01-12 08:29:44 UTC

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Biostarsからの回答：

GeneSCF 'prepare_database'モジュールは、対応する遺伝子を持つすべての経路をプレーンテキストファイルの単純なテーブル形式として抽出します。提供されたリンクから「2ステッププロセス」（小見出し）を確認します（最初のステップで作業が完了します）。

遺伝子の抽出には KEGG REST APIを使用できます経路からの名前。 Pythonリクエストライブラリを使用して、KEGG RESTAPIへのREST呼び出しとクエリ情報を行うことができます。 PythonプログラミングとRESTWebサービスの初心者の場合は、このチュートリアルに従ってください。