動作を停止した特定のURLの例はありますか？一部のプロジェクトは、パーマリンクを提供するために非常に懸命に努力しています。

ゲノムリリースはバージョン管理されているため、URLは移動する可能性がありますが、データはまだそこにあります。

安定したURLを探しているプラ​​ットフォームやデータの種類を指定できますか？多くのサイトは、大きなダウンロード用のftpサーバーを提供しています

これは良い質問だと思います。おそらく小さな変更が加えられます。大きなデータベースのURIが消えることはめったにありませんが、安定した識別子が常に明確にマークされているとは限りません（たとえば、Ensemblはデフォルトで安定したURIではなく「現在の」リリースになっています）。

質問はいくつかの例で味付けする必要がありますが、それは非常に良い点になります。

私はNCBIのもの、たとえば、GRCh37の最新リリースが消えてUCSCテーブルから補間する必要があるdbSNPについて言及していました。