質問:
ロングリードRNA-Seqスプライシングの可視化
Scott Gigante
2017-06-14 08:16:08 UTC
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Oxford NanoporeのcDNA読み取りのデータセットがあります。私のリードの多くはフルレングスまたはフルレングスに近いトランスクリプトであり、私は選択的スプライシングを調べることに興味があります。このために、読み取りを視覚化し、バリアントを定性的に比較することから始めたいと思います。

IGVとSeqMonkの両方でデータを視覚化しようとしましたが、どちらも満足のいく結果は得られませんでした。 > IGV

IGV Visualisation of NOTCH2

IGVは、整列したセクション間のリンクを、細い青い線と太い黒い線で示しています。 。これらの線の違いが何であるかを理解することはできません。さらに紛らわしいことに、2つの整列したエクソンが同じ配列に由来するが、どの線も結合されていない多数の整列があります。つまり、スプライスされたバリアントを確認または拒否するには、各エクソンの読み取りIDを手動で調べる必要があります。

SeqMonk

SeqMonk Visualisation of NOTCH2

SeqMonkははるかにきれいな視覚化を提供しますが、残念ながら、整列したエクソン間のリンクは表示されず、さらに悪いことに、読み取られたIDが見つかりません。これは、機能的に(私が見る限り)どのエクソンが同じ読み取りから来ているかを知る方法がないことを意味します。

編集:刺身プロット

この回答で推奨されているように、私はIGVの刺身プロットを使用してみました。残念ながら、エラー率が高く、カバレッジが比較的低いために、多少混乱する出力が作成されると思います。 Sashimi Plotは、ほとんどすべてのジャンクションで、それをサポートする読み取りが1つだけであることを示しています。

IGV Sashimi Plot of NOTCH2

簡単な検査を可能にする視覚化ツールはありますか完全長の転写産物のスプライシングの方法は?

読み取りを正しくマッピングしていますか?ソフトクリップがたくさんありますか?おそらく完全にマッピングされていないことを示唆していますか?
はっきりとは言えませんが、私には問題ないようです。これらはGMAPでマッピングされており、読み取り長が1500〜4000 bpの範囲で、ほとんどの読み取りでソフトクリッピングが約20〜50になっています。読み取りの約半分はマッピング品質40です(他は非常に低く、約4分の1はMAPQ 0です)。
三 答え:
Rosalind Was Robbed
2017-06-14 10:23:43 UTC
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GenVision Pro Sashimi Plot DNASTARのソフトウェアは購入用ですが、高品質です。 GenVision Proは、刺身プロットを含むゲノムの視覚化を行います。

編集:ソフトウェアが無料でないためでない限り、この回答が却下されている理由がわかりません。 OPはIGVとSeqMonkを試しましたが、彼が聞いたことがないかもしれない代替案について言及しました。

これは、GenVisionProでの刺身プロットの使用を示すビデオです。

http ://www.dnastar.com/t-support-videos.aspx?video = YJvcERoSIsg

反対票を投じて、反対票を投じた理由を説明してください。
たぶん、プロット出力の例を追加しますか?
GWW
2017-06-14 08:28:48 UTC
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IGVに組み込まれている Sashmi Plot機能。スプライスされた転写産物と各エクソンのカバレッジの概要がわかります。

例:

enter image description here

Scott Gigante
2017-06-20 06:49:07 UTC
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IGBは、それほど面倒なことなく意図した結果をもたらします。 IGVのベルやホイッスルはありませんが、個々の読み取りのクリーンで直感的なビューを提供します。

IGBでは、各読み取りは単一の連続した行として表示されます。

IGB zoomed out view

ズームインすると、各読み取りの読み取りIDが表示されます。

IGB zoomed in view

より全体的な見方をするために、IGVの刺身プロットを変更して、いくつかの読み取りでサポートされる偽のジャンクションを除外することができます。上記の遺伝子のデフォルト設定のセクションは次のとおりです。

Sashimi plot with default settings

刺身を右クリックすると、最小ジャンクションカバレッジを設定できます。プロット自体、またはアプリケーション全体の[表示]-> [設定]-> [配置]-> [スプライスジャンクショントラックオプション]でプロットします。ジャンクションカバレッジが最小3の場合、上記のノイズの多いプロットは次のようになります。

Sashimi plot with min junction coverage 3

多数の重複があるため、数値はまだ読みにくいです。ほぼ同一のジャンクションですが、少なくともプロットは読み取り可能になりました。



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