質問:
MinIONシーケンスをオフラインで実行することは可能ですか?
Iakov Davydov
2017-05-31 11:22:09 UTC
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Oxford Nanoporeの当初の計画は、安価なシーケンサー(MinION)を提供することでしたが、ベースコールは有料であったことを漠然と覚えています。そのため、ベースコールはクラウドで実行され、テクノロジーが確立されたら商用化する計画でした。

もちろん、これはフィールドでのMinIONの潜在的な使用を制限します。エリアはまともなインターネット接続がありません。また、臨床試験ですべてのデータを合法的にサードパーティ企業に転送できるわけではありません。

たとえば、エボラ出血熱の論文の場合、サードパーティは彼らのソフトウェア:

インターネットの「ping」が無効でオンライン更新が無効になっているオフライン対応バージョンのMinKNOWが、Oxford NanoporeTechnologiesによってプロジェクト専用に提供されました

今日利用できるサードパーティのベースコーラーがいくつかあります。 Nanocall DeepNanoは知っていますが、公式ではないため、最新バージョンのシーケンサーとセルについていくのは難しいかもしれません。

  1. 今日の時点で、特別な取り決めなしでオフラインでシーケンスを行うことは可能ですか(Ebolaのように)。
  2. そうでない場合、サードパーティベースに対するOxfordNanoporeのポリシーは何ですか-発信者?彼らは彼らを助けるつもりですか、それとも最終的に彼らを訴えるつもりですか?
  3. ol>
二 答え:
#1
+8
gringer
2017-05-31 16:09:17 UTC
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簡単な答え:はい。ただし、その前にONTから許可(および変更されたソフトウェア)を取得する必要があります。

...しかし、それだけでは全体像はわかりません。この質問は非常に混乱する可能性があり、それは質問者の過失によるものではありません。問題は、MinIONの場合、シーケンス処理(または、より具体的には、電気信号トレースの形式で生データを生成すること)が、ベースコールとは異なり、分離可能であるということです。他の多くのシーケンサーにも、明確な生データとベースコールフェーズがありますが、MinIONにあるほどには民主化されていません。

MinIONシーケンスの「シーケンス」部分は、ONTソフトウェアによって実行されます。 、つまりMinKNOW。 PoreCampAU 2017で説明したように、MinIONが最初にコンピューターに接続されたとき、シーケンスを実行するために必要なファームウェアがありません。このファームウェアの最新バージョンは、通常、シーケンス実行の開始時にONTサーバーに要求を送信することによってダウンロードされます。通常の場合、これらのサーバーにアクセスできずにシーケンスを実行することはできません。また、ONTがそれを認識していないとシーケンスを実行できません。ただし、ONTは、シーケンシング時にインターネットにアクセスできない人がいることを認めています(たとえば、アフリカでのエボラのシーケンシング、または海の真ん中でのメタゲノムシーケンシング)。 <[email protected]> には理由があり、ローカルシーケンスの問題をソフトウェアですばやく修正できる可能性があります。

生の信号が取得されると、MinIONシーケンスの「ベースコール」部分はどこでも実行できます。 ONTが管理するベースコーラーはAlbacoreであり、シーケンステクノロジーが変更されるたびに(これは頻繁に発生します)、最初のモデル更新を取得します。 Albacoreは、コミュニティページ(MinIONを持っている人なら誰でも利用できます)を閲覧することでONTから取得できるローカルベースコーラーです。 ONTは、AWSサーバーの使用が高すぎることを確認した後、2017年4月頃にローカルでのみベースコールを許可するように切り替えました。 Albacoreはオープンソースであり、ビールとして無料ですが、プログラムの配布(および変更)を制限する制限付きライセンス契約を結んでいます。ただし、利用可能なベースコーラーはアルバコアだけではありません。 ONTは、 nanonetと呼ばれるFOSSベースコーラーを提供します。テクノロジーに関してはAlbacoreに少し遅れていますが、ONTは、Albacoreの有用な変更はすべて最終的にnanonetに伝播すると述べています。私が知っているもう1つの非ONTベースコーラーがあり、ベースコーリングにニューラルネットワークを使用しています: deepnano。他のベースコーラーが存在し、それぞれがテクノロジー的に距離を変えています。テクノロジーが安定し、変化に強いコンピューターサイエンティストが行動に参加するにつれて、将来的にはさらに多くの発信者が現れると思います。

編集:ONTは彼らのbasecallingソフトウェアのカーテンを引き戻しただけです。私がこれまで見てきたすべてのリポジトリ(Cliveomeを除く)は、Mozilla Public License(無料でオープンソース、いくつかの条件と制限があります)の下でリリースされています。 そのソフトウェアリポジトリに含まれているのはScrappieです。これは、Albacoreのテスト/最先端バージョンです。

#2
+5
H. Gourlé
2017-05-31 12:09:10 UTC
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要するに、はいオフラインベースコーリングがサポートされています。

オックスフォードナノポアは、アルバコアと呼ばれる公式のオフラインベースコーラーを利用できるようにしました。 nanporeコミュニティのウェブサイトへのアカウントをお持ちの場合は、こちらからダウンロードできます。

フィールドでの実行に関して、前回ライブベースコールを確認したときはまだ多くの時間が必要でしたコンピューティング能力があるので、フィールドでMinIONを実行したいと思うかもしれませんが、一度ベースコールをラボ/コンピューティング施設に戻します。

サードパーティのベースコーラーを訴える計画はありません、私はオックスフォードナノポアはそれらについてかなり前向きだと思います:-)

MinIONをフィールドで実行し、ラボでベースコールバックすると、目的全体(まあ、一部)が無効になります。つまり、結果を即座に取得することです。
場合によっては当てはまりますが、高品質のDNAサンプルを使用してラボに戻ることが非現実的/不可能な遠隔地/場所でサンプルをシーケンスしたい場合もあります(つまり、輸送のためにドライアイスにアクセスするのが困難です)。 MinIONを使用すると、フィールドでシーケンスを実行してから、ラボで分析することができます。編集:また、シーケンスを少し実行する場合は、優れたラップトップ(8つ以上のCPU)でベースコールを実行できます。


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