質問:
NGS、2GS、SBS、HTSの違いは何ですか?
gringer
2017-06-04 01:57:33 UTC
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頭字語NGSについて少し混乱しているので、このサイトのこの用語(および、2GS、SBS、HTSなどの同様の用語)を少し議論して明確にすることをお勧めします。

さまざまなシーケンス技術を説明するために使用される最も一般的な頭字語は何ですか?

あなたの答えは良いと思いますが、これらの用語は主にマーケティングに使用されていると感じています。シーケンス会社とプラットフォームに名前を付けると、はるかに有益です。 NGSは最悪で、SOLIDや454などの一部の「NGS」は基本的に廃止されています
NGSはSMRTほど悪くはありません。SMRTは「単一分子リアルタイムシーケンシング」の拡張にもかかわらず、PacBioに固有であると見なされ、ナノポアシーケンシング(これも単一分子でリアルタイムです)のタグとして眉をひそめています。 )。
三 答え:
#1
+5
gringer
2017-06-04 01:57:33 UTC
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これが私の定義の試みです:

サンガー:鎖を終わらせるジデオキシヌクレオチドに依存する配列決定の方法。このシーケンシングでは、ゲルを通過するさまざまな長さのDNAシーケンスの差動フローを使用して、元のDNAシーケンスを決定し、反応コンテナごとに1つのシーケンスを生成します。

NGS:2GSとも呼ばれる次世代シーケンシング(第2世代のシーケンス)。この用語は、サンガーシーケンシングテクノロジーに続くシーケンシングテクノロジーの最初の波を説明するために使用されます。 NGSの使用は、「次世代」が最新のテクノロジー(この場合は正しくない)を指すという一般的な仮定であるため、ロングリードシーケンスの出現とより混乱するようになりました。

HTS:ハイスループットシーケンス。この用語は、通常、同じシーケンス実行から生成された数百万の異なるシーケンスの形式で、大量のデータを生成するあらゆるタイプのシーケンス技術を表します。

SBS:合成によるシーケンス。この用語は、シーケンシングを実行するために[DNA]塩基の合成に依存するシーケンシングの方法を説明します。この定義は、ロングリードシーケンスに拡張できます(たとえば、Pac​​Bioシーケンサーはシーケンス中の合成に依存します)が、より一般的には第2世代のシーケンステクノロジーのみに関連付けられます。

私にとって、ngsとhtsは同じものです-超並列シーケンス(サンガーの後のもの)。これはさらに、第2世代のシーケンス(短い読み取り)と第3世代のシーケンス(長い読み取り)に分けられます。合成によるシーケンシングは、テンプレートと遊離ヌクレオチドの合成(454、イルミナ、PacBio)を使用するシーケンシングによって可能です。
「次世代」を複数の世代に分割する必要がある場合、それはおそらく適切な定義ではありません。
一部の人々は、ABISOLiDおよびNanostringHyb + Seqシーケンス技術を、「合成によるシーケンス」ではなく「ライゲーションによるシーケンス」として区別します。集合名詞のより適切な説明的な名前が見つからなかったため、現在、これらをすべてSBSとしてまとめています。
「合成によるシーケンス」について少し掘り下げました。これは[イルミナのチラシ、15ページ](https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/illumina_sequencing_introduction.pdf)で定義されています。 )、それは蛍光死んだヌクレオチドによって定義されます... PacBioは[彼らのウェブ](http://allseq.com/knowledge-bank/sequencing-platforms/pacific-biosciences/)に書き込みます:「また、それはフォームですが「合成によるシーケンシング」の場合、一度に1つのベース(またはベースのタイプ)を組み込むのではなく、リアルタイムで動作します。」
各光検出器(ZMWG)の蛍光「ムービー」をデコードすることによって塩基呼び出しが行われるため、これは完全に「リアルタイム」のシーケンスではありません...しかし、ここでも、単一の塩基を検出して呼び出す場合を除いて、真にリアルタイムなものはありません。同時。
また、biology.SEに関する非常によく似た質問については、[回答](https://biology.stackexchange.com/a/21087/32870)を参照してください。ここに書いていることは、ほとんどの科学者がこれらの用語の背後で見ているものではありません...
#2
+5
burger
2017-06-05 22:43:35 UTC
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現時点では、シーケンシングを次世代シーケンシングと呼ぶことがどれほど適切かはわかりません。主要なNGSテクノロジーは、この時点で10年以上使用されているIllumina / Solexaです。 454はもっと以前にありました。現時点では、実際には「次」ではありません。

意見は別として、PacBioやOxford Nanoporeなどの長い間読まれてきたテクノロジーを参照して、そのリストに「第3世代のシーケンス」も追加します。詳細については、生物学SEに関するこの質問を参照してください。

シーケンス生成でPacBioを分類するのに少し問題があります。これはモデルベースのシーケンシングテクノロジーです(シーケンシングのためにポリメラーゼと事前に混合されたヌクレオチドに依存します)が、実行の過程で単一分子の読み取りを順次生成します。したがって、私はそれが第2世代と第3世代のシーケンス技術の間のどこかにあると考えています。
#3
  0
Daniel Standage
2019-01-15 21:15:21 UTC
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「第2世代シーケンス」、「第3世代シーケンス」、「ショートリードシーケンス」、「ロングリードシーケンス」という用語は一般的に使用されますが、(私が知る限り)一般的に使用される頭字語/頭字語はありません。 。

法医学遺伝学コミュニティでは、頭字語 MPS は一般的に「超並列シーケンス」を指すために使用されます。これには間違いなく2G /ショートリードシーケンス(イルミナなど)が含まれます。 MPSにPacBioやOxfordNanoporeなどの3G /ロングリードシーケンスが含まれるかどうかは明確ではありませんが、これらが法医学のコンテキストで使用されることはめったにないため、論点になります。

もちろん、(として@burgerは)各用語の適切な範囲に関して多くの不正確さと意見があることをしました。一部の人々は、シーケンス技術、読み取り長、スループット、およびエラープロファイルに関するプラットフォームの信じられないほど多様性を含む、サンガー後のすべてを指す用語を望んでいるようです。いくつかの非常に合理的な質問により、選択した用語について真剣に考える必要があります。たとえば、イルミナの読み取りは、短い読み取りとして分類されなくなるまでにどのくらいの時間がかかりますか? 「高」スループットとして分類されるシーケンサーにはどのくらいのスループットが必要ですか?これらの区別が本当に重要になるのはいつですか?



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