質問:
ENCODE Tier 1、2、3セルタイプの違いは何ですか?
juniper-
2017-05-25 23:21:50 UTC
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UCSCのENCODE実験マトリックスには、「Tier 1」、「Tier 2」、「Tier3」のカテゴリで利用可能なさまざまなセルタイプが一覧表示されています。これらの分類の違いは何ですか?

たとえば、GM12878をTier 1セルタイプにし、A549をTier 2セルタイプにする理由は何ですか?

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[DNA要素百科事典(ENCODE)のユーザーガイド](http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001046)をお読みください。
二 答え:
#1
+6
Devon Ryan
2017-05-25 23:44:04 UTC
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層は、サンプルの順序付けと処理の元の優先順位を示します。これは、ENCODEがシーケンスを試みたマークと実験タイプの数を考えると理解できます。詳細については、 ENCODEのウェブサイトをご覧ください。

編集:少し拡張するために、Tier1セルが最初に処理されることになっています。次に、Tier2が2番目になりました。もちろん、Tier 2にはもっと多くのセルがあったので、すでにTier 3セルがあったように見えるので、2と2.5に分割されました。

#2
+1
emilliman5
2017-05-27 01:27:47 UTC
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EncodeのWebサイトから

...さまざまなテクノロジーやプラットフォームを使用して生成されたデータの統合と比較を支援するために、ENCODEコンソーシアムは指定されたセルタイプを用意していますそれはすべての研究者によって使用されます。これらの一般的な細胞タイプには、細胞株と初代細胞タイプの両方が含まれ、初代組織と胚性幹(ES)細胞の使用を検討する計画が立てられています。

細胞タイプは、主に次のような実用的な理由で選択されました。それらの幅広い利用可能性、それらを容易に成長させる能力、およびENCODE研究者によって使用されているすべての技術で使用するのに十分な数の細胞を生産するそれらの能力。二次的な考慮事項は、細胞の組織源の多様性、胚葉系統の表現、細胞タイプを使用して生成された既存のデータの可用性、および他の進行中のプロジェクトとの調整でした。比較的正常な核型を持つ少なくともいくつかの細胞タイプを選択するための努力もなされました...



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