質問:
SAMマッピング品質とBlastE値の違いは何ですか?
medbe
2017-06-04 04:01:34 UTC
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BlastはE値を報告しますが、ショートリードマッパーはマッピング品質を報告します。それらは同じものですか?それらは互いに変換できますか?そうでない場合、ショートリードマッパーがE値を報告しないのに、なぜblastはマッピング品質を報告しないのですか?

1 回答:
#1
+9
roblanf
2017-06-04 15:24:42 UTC
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E値とマッピング品質は2つの非常に異なるものです。

E値は、「検索時に偶然に見ることができる「予想される」ヒット数を表すパラメータです。特定のサイズのデータ​​ベース」。詳細については、こちらをご覧ください: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=FAQ#expect

マッピング品質とは、特定の読み取りから特定の塩基がリファレンスゲノムの特定の場所に正しくマッピングされる確率を推定する試みです。アライナーが異なれば、マッピング品質の計算方法も大きく異なるため、アライナー間でそれらを比較する簡単な方法はありません。ただし、一般に、マッピング品質は次のようなものを考慮します。(i)基本呼び出しの品質。 (ii)参照の繰り返し構造。 (iii)アライメントアルゴリズム。 (iv)読み取りにマップされたペアがあるかどうか。 (v)マッピングソフトウェアの作者が役立つと考えた他のこと。

したがって、E値とマッピング品質は、非常に異なる用途で2つの根本的に異なるプロパティを測定しています。



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