質問:
古いゲノムビルドの操作
zx8754
2017-06-01 01:47:18 UTC
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古いゲノムビルドを使用して依存していますか?

たとえば、 NCBI36 / hg18。古いビルドに基づく論文の結果は、 LiftOverと再分析が役立つ必要がありますか?

少し文脈がありますが、これは他の投稿に関連しており、CGHの結果に基づいています古いビルドの場合:単一のサンプルArrayCGH結果を検証するにはどうすればよいですか?

これはおそらく、あなたが考えている分析の種類に依存します。結局、今日生成するすべてのデータは1日で廃止されますが、必ずしもすべての結論が間違っていることを意味するわけではありません。頭の中にある分析の種類(またはhg18を使用した具体的な論文)についてより具体的にする場合は、正しい答えを出す方が簡単かもしれません。
四 答え:
#1
+8
Karel Brinda
2017-06-01 02:03:51 UTC
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私の意見では、それはあまり信頼できません。 LiftOverは、サポートできる変換に関して非常に制限されています。 LiftOverチェーンフォーマットは、一致するリージョンのみを同じ順序でキャプチャできます。これは、インデルを説明できることを意味しますが、単純な構造の変化でさえ問題になります。

たとえば、新しいアセンブリが利用可能な場合、通常、既存の読み取りを変換するのではなく、すべての読み取りを再マップすることをお勧めします。配置。

#2
+4
Manuel
2017-06-01 04:34:31 UTC
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現在、gnomADなどの多くのデータベースがまだこのリリースを独占的に使用しているため、検討する価値のある人間のビルドはhg19 / GRCh37だけだと思います。一方、hg38 / GRCh8には多くの重要な修正があり、代替遺伝子座の便利な(ただしまだ十分に活用されていない)機能があります。

古いリリースのすべてを新しいリリースに再マッピングする必要があります。

#3
+2
story
2017-06-08 11:38:40 UTC
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liftOverを使用することもできますが、これは必ずしも優れているとは限りません。

これに遭遇すると(特にSRAですぐに利用できるNGSデータ)、生のファイル(fastqなど)を取得して再取得することがよくあります。整列/再マップ。

あなたの場合(配列)は少し難しいかもしれません。私は最近、いくつかの古い酵母DNA / RNAマイクロアレイデータを取得し、それを最新のゲノムに更新したので、不可能ではありません。適切なデータ(正規化のためのDNAなど)とプロセス全体の十分な理解が必要です。

最後の手段/代替手段は、新しいデータを古いゲノムに合わせることです。比較することができます。これは理想的ではありませんが、1つのソースをアップグレードできない場合や、膨大な時間と労力がかかる場合に機能します。利用可能な/以前のすべてのデータがdm3で行われた、いくつかのフライ実験でこれを行いました。すべての古いゲノムは通常、 http://archive.ensembl.orgで見つけることができます。

#4
  0
burger
2017-06-08 05:09:09 UTC
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マウスの場合、mm10 / GRCm38が5年以上前(2011年)にリリースされたにもかかわらず、注目を集める出版物でmm9 / NCBI37を使用している人がまだいます。個人的にはそれは素晴らしいアイデアではないと思いますが、査読者によると確かに有効です。

アプリケーションによっても異なります。コーディング領域(長い間よく知られている可能性が高い)を使用している場合、またはゲノム全体の統計を抽出している場合(たとえば、TSSでの濃縮)、違いはごくわずかです。



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