質問:
Phyre2とITasser、まったく異なるモデルが生成されました
Te-Yo
2017-05-19 23:59:49 UTC
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PhyreおよびITasserオンラインツールを使用してpdb構造を生成した経験のある人はいますか。同じアミノ酸配列の入力を与えられたそれぞれから生成された結果は非常に異なり、これが通常の経験であるかどうか疑問に思います。 ITasserがCASPトレイルで1位にランク付けされたことは知っていますが、結果は本当にこれほど異なるものである必要がありますか?

信頼性を評価するために、常にモデルをモデル品質評価プログラムに通し、最適なものを選択する必要があります。
二 答え:
#1
+5
Rosalind Was Robbed
2017-05-20 09:11:29 UTC
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Phyreについてはあまり詳しくありませんが、I-TASSERは非常に洗練されたシステムであり、複数のスレッダーを使用して検索結果を取得し、それらをab initioシミュレーションにプラグインして、多数のサンプリングによってモデルのエネルギーを最小化しようとします。 Phyreが行っているとは思わない3Dコンフォメーションの可能性。

https://en.wikipedia.org/wiki/I-TASSER#/media/File:I-TASSER-pipeline jpg

Phyreの同様のワークフロー回路図と比較してください:

http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/images /nprot.2015.053-F1.jpg http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html

構造予測にはまだ長い道のりがあり、PDBで利用可能な類似体があれば常により良い結果が得られますが、CASPでのI-TASSERの一貫した高性能を考えると、これらの結果をより重要なものとして扱います。 。とはいえ、複数の回答を検討することは害にはなりません。

編集:Phyreプロトコル回路図の後半へのblmooreのリンクが含まれています

phyre2ワークフローの前半にのみリンクしています:http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html
#2
+1
Joe Healey
2019-04-04 13:13:28 UTC
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これは質問に対する完全な答えではないかもしれませんが、PhyreとITasserの重要な違いの1つは(私が言っているのは正しいと思います)、Phyreは十分にモデル化されていると見なすモデルの領域のみを返すことです。そのため、完全な長さのモデルではない可能性があります。一方、ITasserは常にフルサイズのモデルを生成します。

他の回答の1つがほのめかしているように、それは目的のタンパク質に大きく依存しています。データベースで適切に表現されていない場合、最初のスレッド化段階では適切なモデルが生成されず、結果として後続のステップがすべて影響を受けます。



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