質問:
KEGGまたはReactomeを使用することの長所と短所は何ですか?
llrs
2017-05-24 12:35:31 UTC
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濃縮分析としての通常のステップは、遺伝子のリストで濃縮された経路を推測することです。しかし、どのデータベースが優れているかについての議論を見つけることができません。 (私の特定の環境で)最も人気のある2つはReactomeとKEGGです(おそらくBioconductorでそれらを使用するツールがあるためです)KEGGはftpアクセスのサブスクリプションが必要であり、私の研究では大量のKGMLファイルをダウンロードする必要があります現在、Reactomeに傾いています

経路に関連する遺伝子が多いのはどれですか?どちらがより完全に注釈が付けられていますか?それらを比較する論文はありますか?

これを「どちらが良いか」ではなく「長所と短所は何か」と言い換えることができますか? SEはQA形式の後者が好きではありませんが、前者は問題ないと思います。
@MichaelSchubertを実行すると、自分で変更できます。しかし、一般的にではなく、より良いものが投稿されれば、どちらも問題ないと思います(XとYの方が良い)YMMV
このBioStarsの投稿は、数年前のものですが、役立つ場合がありますhttps://www.biostars.org/p/3432/
@Chrisに感謝しますが、その質問は6.5歳であり、その間に状況が変化しました(KEGGへのftpアクセスの料金を含む)。
@Llopisはい、あなたが返答する直前に私はその詳細を編集しました。私はこれがあなたの質問を冗長にするということではなく、おそらく有用なリンクを指し示しているだけです
パスウェイデータのダウンロードについては、http://www.pathwaycommons.org/を参照してください。たぶん、どちらかを選択するだけでなく、両方(またはそれ以上)で行くことができます。
@woemierはい、実際にはReactomeとKeggの両方を使用していますが、問題は、名前に関係なく、一方のデータベースともう一方のデータベースの経路が同等であるかどうかを比較することです。
三 答え:
#1
+4
Kamil S Jaron
2017-05-25 03:59:55 UTC
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KEGGの大きな欠点の1つは、ライセンスの問題です。 Reacomeの大きな利点の1つは、他のデータベースやデータへのさまざまなクロスリンクです。

ad 1、これはどちらの経路に依存し、どちらもプライマリデータベースです。たとえば、プライマリデータベースのデータを組み合わせた他のデータベースでは、経路の注釈が優れている場合があります(以下のレビューペーパーに例があります)

広告3 非常に広範囲にわたる比較的新しいものがあります(2015)人間の経路に焦点を当てたこのトピックに関するレビュー:人間の細胞シグナル伝達経路データベースの比較-進化、欠点、課題。しかし、どちらがより完全であるかはそこで見つかりませんでした...

#2
+4
agapow
2017-05-26 14:41:04 UTC
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あなたにとって重要な点は、濃縮分析があなたに有益な答えを与えるかどうかです。それが特定のデータベースをより良くするものです。また、経路とは何か、何を含めるか、どこに境界線を引くかなど、構築にはあらゆる種類の主観的な決定が行われるため、データベースが異なれば答えも異なり、どちらが正しいかは明確ではありません。

それで、人々が与えた参照/ポインタを閲覧し、サービスを選択してそれを使用し、他のものは使用しないでください。好きな答えが得られるまでデータベースを飛び回らないでください。それはただの釣りです。

最後の文の+1は、「良い」結果が得られたらXで確認し、両方が同意する場合は続行すると言うのは簡単です。
#3
  0
Johannes Griss
2017-06-01 12:05:30 UTC
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Reactomeの大きな利点の1つは、私の意見では、Webインターフェイスを使用した視覚化です。

多くの経路(ReactomeおよびKEGG)は、それぞれの経路を介してアップレギュレートおよびダウンレギュレートされる遺伝子/タンパク質で構成されています。単純な過剰表現分析を行う場合、これは考慮されません。したがって、ダウンレギュレートされた遺伝子のみがより頻繁に観察されたにもかかわらず、経路が「過剰発現」として表示される可能性があります。

Reactomeでは、さまざまな経路を非常に便利に拡大して、これらをピックアップできます。矛盾。これらのさまざまな規制を考慮に入れることができる公開データベースとツールを実際に見つけていません。したがって、おそらく常にデータを手動で調査する必要があります。私の意見では、これはKEGGよりもReactomeの方が簡単です。



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