質問:
公開されているマルチオミクスデータセットはありますか?
rraadd88
2017-05-30 17:29:00 UTC
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ゲノミクス、トランスクリプトミクス、プロテオミクス( snyderomeなど)を含むマルチオミクスデータセットを探しています。このようなデータセットは、データ探索の入門目的で必要です。したがって、それは任意の宿主生物および任意の実験方法/条件からのものである可能性があります。

それを見つけることができるデータベース/リポジトリはありますか?

あなたは本当に3つすべてが必要ですか、それともそれらのうちの2つが機能しますか? 「ゲノミクス」の場合、ヒストンマーク(またはメチル化)またはDNAseq(バリアント呼び出しなど)のどちらが必要ですか?
ゲノミクス(DNAseq)は不可欠です。残りのレイヤー(少なくとも2つ)は機能します。
質問を[編集]して、必要なものを明確にしてください。すべてが同じ細胞または個人からのものである必要がありますか?発現タンパク質、転写RNA、および関連するゲノム配列のセットをお探しですか?それとも特定の状態のものですか?パラレルゲノミクスとは何ですか?
質問を言い換える提案をしたかったのですが、どうやら編集したようです。それが今あなたが望むものを言っていないならば、それを元に戻してください...
三 答え:
#1
+10
rraadd88
2017-05-30 17:53:40 UTC
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OmicsDIというデータベースがあり、マルチオミクスデータセットを検索できます。

関連する出版物(Perez)のリンクは次のとおりです。 -Riverol、Yasset、etal。 "Omics Discovery Index-Discovering and Linking Public OmicsDatasets。" bioRxiv(2016):049205。)詳細については。

#2
+3
user2368936
2017-06-04 04:06:43 UTC
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GEOで利用できるデータセットはいくつかありますが、それらを検索する必要があります。たとえば、イルミナのメチル化と遺伝子発現マイクロアレイプロファイリングの両方を備えた3つのデータセットを次に示します。

#3
+2
Johannes Griss
2017-06-03 16:31:04 UTC
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OmicsDIの隣に、EBIにはマルチオミクスデータセット用の特別なリポジトリがあります: https://www.ebi.ac.uk/biosamples

さまざまなデータセットをリンクしますリポジトリ間、すなわち。 MS / MSベースのデータの場合はPRIDE、RNASeqデータの場合はArrayExpress。



このQ&Aは英語から自動的に翻訳されました。オリジナルのコンテンツはstackexchangeで入手できます。これは、配布されているcc by-sa 3.0ライセンスに感謝します。
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