質問:
OxfordNanoporeの読み取りをシミュレートするためのツール
Daniel Standage
2017-05-22 23:19:53 UTC
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Oxford Nanoporeの読み取りをシミュレートするために利用できる無料のオープンソースソフトウェアツールはありますか?

何のためにデータをシミュレートする予定ですか?私の意見では、公開されている実際のデータセットが豊富にあることを考えると、非常に特殊な使用例を除いて、シミュレーションの必要性はほとんどありません。
ツールまたはツールのセットがアーティファクトを正しく識別できるかどうかを評価するために、バリアントまたは他のタイプのゲノムアーティファクトをシミュレートすると便利なことがよくあります。これは、正確な答えがわかっているシミュレーションデータで行うのがはるかに簡単であり、シミュレーションデータが実際のデータを完全に反映していなくても非常に価値があります。
四 答え:
#1
+8
Leo Martins
2017-05-23 01:43:59 UTC
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たまたま、今日、ナノポア読み取りシミュレーター NanoSimについて聞いたことがあります。 GPLライセンスの下でリリースされています。でも使ったことがない...

#2
+8
Karel Brinda
2017-05-30 00:09:22 UTC
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Oxford Nanopore専用に設計されたシミュレーター:

一般的なロングリードシミュレーター:

の完全なリスト既存の読み取りシミュレーター。私の論文の15ページを参照してください。 次世代シーケンシングデータをマッピングおよび分類するための新しい計算手法

#3
+6
burger
2017-05-23 04:05:06 UTC
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すでに述べた NanoSimに加えて、 SiLiCO ReadSimもあります(ただし、2年以上更新されていません)ですから、テクノロジーの進歩の速さを考えると、現時点でどれほど関連性があるのか​​わかりません。

#4
+2
gringer
2017-05-24 08:36:04 UTC
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最高のナノポア読み取りシミュレーターは、最高のベースコーラーに関連付けられます。ベースコーラーがDNA鎖を効果的にモデル化するには、関連する信号ノイズ(時間次元と振幅次元の両方)とともに、予想される基礎となる電気モデルを考慮する必要があります。理論的には、アルゴリズムを逆にして、基礎となるシーケンスが与えられた場合に電気信号を生成できるはずです。

残念ながら、電気レベルでナノポア読み取りをシミュレートしようとするツールはありません。ベースシーケンスのみに集中する「ナノポア読み取りシミュレーター」は、存在する可能性のあるすべてのベース呼び出しソフトウェアモデルを網羅する必要があります。これは不可能な作業です(特に、ONTが自身のベース呼び出し元を更新する速度を考えると)。



このQ&Aは英語から自動的に翻訳されました。オリジナルのコンテンツはstackexchangeで入手できます。これは、配布されているcc by-sa 3.0ライセンスに感謝します。
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