質問:
プールされたCRISPRスクリーンのデータ分析のためのRパッケージ
natasa
2017-06-05 21:36:55 UTC
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CRISPR / Cas9実験を設計し、下流のデータ分析を検討しています。

CRIPSR / Cas9を使用してプールされた遺伝子スクリーニングからの生のNGS読み取りカウントデータを分析し、細胞集団の遺伝子発現を破壊するためのRパッケージはありますか?シーケンス処理、データ探索、視覚化などの基本から始める必要があると思います。

これは他の発現解析とどう違うのですか?つまり差次的発現解析に標準ワークフローの1つを使用できないのはなぜですか?
編集にCRISPR / Cas9を使用し、式を推定するだけでは、それ自体は素晴らしいアイデアではない可能性があることを強調したいと思います。本当にたくさんのサンプルがある場合は、最初にこの編集によって導入された突然変異の負担を確認することに興味があるかもしれません。次に、できれば発現解析を行います。以下のツールも同様に使用しますが、編集で多数のSNVがスローされるかどうかを考慮せずに、何も実行しません。スローされない場合は、線形混合効果を使用してダウンストリーム分析を実行しても問題ありません。
二 答え:
#1
+5
sssascha
2017-06-06 14:05:08 UTC
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多くの遺伝子座をターゲットとするCRISPRスクリーン(GeCKOライブラリを使用するなど)を意味すると仮定すると、Rパッケージがここにあります。

線形混合効果モデルを使用してガイドを比較します選択ステップの前後にカウントし、複数のガイド/遺伝子および複数の複製を可能にします。また、最初の読み取り調整AFAIKを実行することもでき、質問がある場合は作成者が非常に迅速に対応する必要があります。

別のオプションとして、 python プログラム MAGeCK aがあります。 >

#2
+1
plat
2017-06-07 13:28:15 UTC
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私の経験から、RでのCRISPRプールスクリーニングについてはほとんどありません。そのうちの1つは ScreenBEAMです。線形混合モデルを使用して、分析の同じステップですべてのガイドを一緒に検討することにより、遺伝子レベルでの有意性を決定します。しかし、それは私にとってはあまりうまくいきません。

提案されたMAGeCKやHiTSelect、BAGEL、 CRISPR-Analyzerなどの他の方法で簡単に使用できるR以外のスクリーニングを分析する方法は他にもあります。

CRISPR-Analyzerは、有用である可能性があり、単一の分析で言及された方法のいくつかを要約するオンラインツールです。ただし、コマンドラインから作業する場合は、遺伝子必須性実験にはBAGELを、他の実験設定(つまり、コントロールと治療)にはMAGeCKをお勧めします。

すべてのリンクを配置していないことをお詫びしますが、私にしかできません。現時点で2つ入れてください!



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